2022 年 1 月，大约在 SARS-CoV-2 的 omicron 变体开始迅速传播的时候，由微生物学和细胞生物学系助理教授 Shashank Tripathi 领导的印度科学研究所 (IISc) 的一组研究人员，和传染病研究中心，注意到 omicron 变体的重组菌株数量异常高地增加。

该团队分析了2019 年 11 月至 2022 年 7 月期间在全球各种数据库中出现的所有病毒株的基因组序列。在发表在《医学病毒学杂志》上的一项研究中，他们发现了几种新突变，这些突变通过高速重组积累并影响病毒蛋白，尤其是病毒刺突蛋白的不同部分(域)。

这些结构域——例如受体结合结构域 (RBD) 和 N 末端结构域 (NTD)——已知参与病毒-宿主结合，也被报道为宿主免疫系统的攻击位点。该团队表明，在这些突变的帮助下，几个这样的 omicron 重组和突变菌株能够逃脱宿主的防御并更紧密地与宿主细胞结合。

他们的观察结果增加了越来越多的证据，证明新病毒株在逃避免疫攻击和引起感染方面的效率如何。

众所周知，像 SARS-CoV-2 这样的病毒会不断变化，这使得我们的免疫系统很难识别和摧毁它们。这是生产疫苗时的一个主要问题。SARS-CoV-2 中的遗传物质是一条长单链 RNA。此外，已知复制这种 RNA 所需的蛋白质——RNA 聚合酶——在这种病毒中容易出错。

Tripathi 解释说，病毒可以通过两种机制之一进化：突变或重组。“这是一种增加其遗传多样性的策略。”聚合酶不仅允许突变积累，它通常还会导致不同病毒株之间发生重组。当存在共感染时——当宿主细胞被不止一种病毒株感染时，这是可能的。

“在复制病毒 RNA 时，聚合酶可以从一个 RNA 模板跳到附近的另一个模板，”Tripathi 说。如果附近的序列是另一个菌株的序列，那么新拷贝将是两个亲本菌株的重组体或杂交体。Tripathi 说，目前有超过 35 种 SARS-CoV-2 重组体。他解释说，例如，2022 年出现的一种更高效的变体 XBB 是由 omicron 的其他两个版本之间的重组产生的。