德克萨斯生物医学研究所和合作者开发的新软件工具可以帮助科学家和疫苗开发人员快速编辑病原体的遗传蓝图，使其危害更小。

该工具名为CoDe - 密码子去优化的缩写 - 使用户能够对遗传密码进行精确编辑，使基因的功能降低 - 换句话说，去优化基因。

通常，疫苗开发人员希望优化或提高某些基因的表达，并且有很多软件工具可以帮助解决这个问题。但对于某些类型的疫苗，对某些基因进行去优化(拒绝)至关重要，以使疫苗安全有效。

“到目前为止，还没有工具可以帮助去优化，”德克萨斯生物医学教授Luis Martinez-Sobrido博士解释说，他领导了CoDe背后的团队。

Martinez-Sobrido博士是病毒学和疫苗开发方面的专家。他与马德拉斯印度理工学院的生物信息学专家和西班牙动物研究中心的病毒学家合作建立了CoDe。他们最近在《生物信息学进展》杂志上描述了他们的工具。

降低基因表达可用于广泛的研究，对于开发减毒活疫苗尤其重要。这种类型的疫苗包括病毒的完整基因序列，而不仅仅是病毒的一小部分。但病毒已被减弱或调整，以免引起疾病。这是一种常见的疫苗平台，已用于流感、天花、黄热病以及流行性腮腺炎、麻疹和风疹。

这种类型的疫苗旨在引起持久，强大的免疫力，并且必须使病毒已经足够减毒，使其无法恢复到原始形式。

“使用CoDe，我们可以精确地突变单个基因中的数千个核苷酸，这使得病毒极难恢复，”Martinez-Sobrido博士说。“它还使我们能够调节小部分的基因表达，而不是完全敲除整个基因。这对疫苗设计和基础研究非常有帮助。

用户告诉CoDe要去优化哪个基因序列。该程序确定在遗传密码中改变哪些特定的核苷酸(字母)，从而产生功能性但无害的病毒版本。

该程序的一个显着特点是它可以自动转换衰减为不同物种设计的疫苗所需的编辑。例如，猪、鸡和人类的流感疫苗会有所不同。

虽然CoDe是为病毒设计的，但它可以很容易地适应其他生物，如细菌。

“科学家们一直在等待这种工具，因为在他们手工完成之前，”德克萨斯生物医学创新经理Tracey Baas博士解释说。“这将帮助他们更快地进行编辑，并避免比人为错误可能发生的错误。

该工具受版权保护，但可供学术环境中的其他人免费使用。